Középkor kezdete
A 456. szeptember 7-i földrengést követően a város történetéből nem sok konkrétumot ismerünk.
Annyi bizonyos, hogy a római város keresztény lakossága nagy tömegben élt tovább ezen a vidéken a népvándorlás korában is, többek között ennek köszönhető a Savaria név fennmaradása is.
Borostyán út a 7. század derekáig használatban volt, a rajta zajló kereskedelem hasznát az itt élő népek (a hunok, a keleti gótok, a longobárdok és az avarok) egyaránt igyekeztek kihasználni.
Nagy Károly kora
Frank birodalom A 8. század végétől az antik város ismét fontos szerephez jut. 791-ben Nagy Károly frank király az avarok elleni hadjárata során felkereste Sabariát. A város neve 350 évvel a földrengés után - ekkor tűnik fel ismét az írott forrásokban. A visszavonuló király kerülőutat tett, hogy Sabariát érinthesse, látogatásának egyedüli célja aligha lehetett más, minthogy elzarándokoljon Szent Márton szülőhelyére. Mártont akkor már az egész Frank Birodalom védőszentjeként tisztelték. Nyugat-Dunántúl a század végére a Frank Birodalomhoz került, közigazgatásilag a Bajor Hercegséghez csatolták, így a terület ismét összekapcsolódott a latin keresztény kultúrával. A Karoling hódítás után a Borostyánkő út teljes hosszában újra egyetlen birodalomhoz tartozott, az utat katonai és kereskedelmi célokra egyaránt használták.
Grófságokról
A frankok a meghódított területeket grófságokra osztották. Pannonia területén 2 grófságot hoztak létre:
Pannóniai honfoglalás
Nyugat-Pannónia 900-ban került a honfoglaló magyarság birtokába, ez azonban nem jelentette a terület azonnali benépesítését. Az ókori Savaria környéke fél évszázadig még lakatlan gyepűzónaként védte a fiatal magyar fejedelemség nyugati határait. Sabaria nevét már csak Gizella hozományaként tüntetik fel a források. A több ezer éves Borostyánkő úton egy időre elcsitult a forgalom.
Katonák útja felé
A Szent István király idején megszülető vármegyerendszerben a hajdani Savaria-Sabaria az ország egyik nyugati határmegyéjének része lett. A vármegye központja Vasvár lett, hiszen akkoriban ez a vár tartotta ellenőrzése alatt az országból kivezető utat, a Katonák útját.
Ezzel a védelmi szempontok szerint született döntéssel a nagy múltú Sabaria sorsa az egész középkorra megpecsételődött.
Szombathely nevei
Szombathely azok közé a települések közé tartozik, amelyeknek több nevük is volt a középkorban. Az ókortól a Karoling-koron keresztül a Sabaria név folyamatosan fennmaradt, az egyházi latinságban mind a mai napig ez az alak van használatban. A Szombathely elnevezés és a Steinamanger név a középkor óta ismeretes. Így ez az egyetlen olyan város az országban, amelynek három egymástól teljesen független névváltozata van tulajdonképpen ma is használatban.
Püspöki mezőváros
Szombathely már a 14. században városi jogokkal élt, de írásba foglalt kiváltságokról csak 1407-ben kelt privilégiumlevél. Szombathely a 13. század óta a győri püspökök birtoka, a városi jogokat igazoló okiratot is az akkori győri püspök: Hédervári János szignálta. A kiváltságlevél tulajdonképpen egy egyezség, amely a püspök és a város polgárai között köttetett. Eszerint a városnak évente 200 aranyforint adót kell fizetnie, ennek fejében a polgárok szabadon választhatnak bírót. Az okirat szerint a bor- és gabonatizedet továbbra is fizetnie kell a városnak, a kocsmáltatás jogát viszont maguk gyakorolhatják.
Városfal
Szombathely a 15. század végén már bizonyosan fallal körülvett település volt. Az erődítés alapját a római kori városfalak adták, megerősítése valószínűleg az 1440-es években történt. Sarkain kerek tornyok álltak, kívülről árok védelmezte. Északról a Föl utcai kapun lehet bejutni a városba, ez a kapu a Ferences templom Flórián-oltárképén látható. A kelet felől bevezető úgynevezett Gyöngyös utcai kapu a város régi pecsétjén maradt ránk. Még legalább három bejárata volt a városfalnak, ezek emlékét azonban már csak régi leírásokból ismerjük.
Piac
Szombathely városfejlődésének egyik legfontosabb színtere volt a piac, ahol (ahogy a város neve is jelöli) szombatonként zajlott a heti sokadalom. Jeles ünnepekkor persze rendeztek itt nagyobb vásárt is: Szombathelyen a 16. században évente 5 alkalommal volt országos sokadalom: Farsangvasárnap előtt, Szent Györgykor, Szentháromság vasárnapján, Kisasszonykor és Szent András ünnepén. A Márton-napi nagyvásár csak a legújabb korban jött szokásba. Ilyenkor távoli vidékek kereskedői is elhozták portékáikat, a dél felől a városba vezető utat ezért a "Vásárosok útjának" is nevezték. A piactér az 1960-as évekig a mai Főtér területén volt, a középkor óta ez a város mindenkori központja.
Templomok
Püspökvár Szombathelynek már a 13. században két temploma volt. Az egyik az akkor még városon kívül eső Szent Márton-templom, a másik a belső várhoz tartozó Szűz Mária-templom, amit vártemplomnak is neveztek.
A 14. században letelepedett ferencesek gótikus csarnoktemploma és a hozzá kapcsolódó kolostorépület a keleti városkapu közelében állt.
A középkori Szent Márton-templom és a ferencesek régi épülete (számos átalakítás után, de) még ma is látható, a Vártemplomot Szily János püspök bontatta el a mai Székesegyház megépítésekor.
